Йоан Джуру дебютировал за «Арсенал» в выигранном «канонирами» со счётом 3:1 матче Кубка Лиги с «Эвертоном», выйдя на замену на 89-ой минуте. А свой первый полный матч за основную команду швейцарец провёл 14 января 2006 года, играя центрального защитника в паре с другим швейцарцем, Филиппом Сендеросом, где его команда одержала разгромную победу над «Миддлсбро» со счётом 7:0.

В феврале 2006 года, Джуру играл в матчах лиги против «Вест Хэм Юнайтед», «Бирмингем Сити» и «Болтон Уондерерс». В апреле 2006 он вышел на замену в матче с «Астон Виллой» вместо получившего травму Эммануэля Эбуэ и помог одержать своей команде победу со счётом 5:0. Затем Йоан принял участие в матче с «Портсмутом», в котором вернулся в состав опытный защитник Сол Кэмпбелл. Швейцарским защитником заинтересовались несколько итальянских клубов, однако после окончания ЧМ—2006 он подписал шестилетний контракт с «Арсеналом». Джуру играл в предсезонных матчах Кубка Эмирейтс и принял участие в победных для его команды матчах с миланским «Интером» и французским «Пари Сен-Жермен».

5 февраля 2011 года в матче против «Ньюкасл Юнайтед» после передачи Андрея Аршавина забил свой первый гол в АПЛ.